显而易见，是因为饮料中存在着细菌。
细菌的来源有多种可能。
在生产工艺上，饮料有灌装前杀菌和灌装后杀菌两种方式。
灌装前杀菌是先对饮料进行彻底杀菌，然后在无菌条件下灌装到瓶中，再进行封盖。这里，即便是超高温处理，也可能有残留的细菌。更大的可能，所谓“无菌环境”只是细菌数低到一定程度的“商业无菌”而不是“绝对无菌”，而实际操作中也有可能遇到失误而混入相当量的细菌。饮料瓶、瓶盖都要进行杀菌处理，但也都存在杀菌不彻底而有残存细菌的可能。这样，灌装好的饮料瓶中就可能存在着细菌。
灌装后杀菌是先把饮料灌装到瓶中，封盖，然后再进行高温杀菌。因为已经密封，如果杀菌彻底的话可以把细菌彻底杀灭。但是灌装之后，加热的时候热量从外往里传递，传递效率会受到灭菌锅内的温度分布和饮料物化特性的影响，某些饮料瓶的中心有可能并没有达到彻底灭菌的温度并保持足够的时间。这样，即便是经过灌装后杀菌，也有可能在一些瓶中还残留有细菌。
理论上说，经过超高温杀菌无菌灌装，或者灌装后杀菌，都可以实现彻底无菌并长期保存。但是在实际生产中，如果生产过程中出现失误，就可能使得某些瓶中有残留细菌。在长期的保存中，这些细菌大量生长，就出现了“胀瓶”。
这实际上是一件好事，它为消费者提供了一种判断饮料变质的指标——只要胀瓶了，就是变质了。