一、含水量低
蜂蜜的含水量因成熟度及蜜种等不同而不同，但一般自然成熟蜜的含水量约在20～25%左右，含水量低也是蜂蜜能长期保存的重要原因，事实上蜂蜜在保存过程中最怕混入水分，一旦混入水分则很快就发生变质了，因此在保存蜂蜜时一定要尽量避免混入水分。
二、渗透压大
蜂蜜是糖(主要是葡萄糖和果糖)的过饱和溶液，高糖度导致蜂蜜内部的渗透压非常大，微生物可能因细胞液从细胞膜中渗出渗出而死亡，除了少数微生物之外大多数微生物都无法在蜂蜜中生存，因此自然成熟的蜂蜜只要不混入水分完全可长期保存而不变质。
三、酸性环境
蜂蜜的pH值约在3～4之间(蜜种不同有差异)，也就是说蜂蜜的内部环境实际上是呈酸性的，只是酸性特征没有其他食物明显而已，在这种酸性环境中大多数微生物都无法生存，但酵母菌能在pH值3.0～7.5的环境中生长，因此蜂蜜保存时最害怕的就是酵母菌。
四、抗菌成分
蜂蜜能长期保存与其富含的抗菌成分密不可分，例如蜂蜜中含有大量的溶菌酶和葡萄糖氧化酶，其中溶菌酶能使微生物因细胞壁破裂而溶解，而葡萄糖氧化酶能催化葡萄糖产生葡萄糖酸和过氧化氢，过氧化氢(俗称双氧水)对多种微生物都有抑制和灭杀作用。
总结：蜂蜜在理论上虽然没有严格的保质期，但这并不是说蜂蜜就一定不会发生变质，实际上蜂蜜在保存不当时也极容易变质，例如混入水分几个月甚至几周就可能变质。