清代在省与府之间设道，如分巡肇罗道、分巡肇阳罗道、分巡广肇罗道等，道台多设在肇庆。1912年以后，先后设肇罗军政分府、肇阳罗镇守使署、西北军绥靖委员行署等于肇庆；1936年，设 置广东省第二行政督察专员公署，辖12个县。
中华人民共和国成立后，肇庆一直是高要县、肇庆市人民政府和肇庆地区行政公署的驻地。1988年3月，肇庆改为省辖市，辖端州、鼎湖两区和高要、广宁、四会、新兴、罗定、云浮、德庆、郁南、封开、怀集10县。
1992年12月，经肇庆市人民政府同意，设立大旺综合经济开发区（简称大旺区），赋予相当于县一级行政、经济管理职能，保留广东省国营大旺华侨农场的牌子，实行两块牌子一套班子。
1994年4月5日，经国务院批准设立地级云浮市，云浮、罗定、郁南、新兴等四个县级建制从肇庆市辖区划出，另外成立云浮市
1998年4月，经省政府批准，肇庆高新技术产业开发区在三榕港成立，为省级高新技术产业开发区。2000年8月，肇庆市人民政府赋予高新区管委会行使市一级有关经济管理权限。
2001年11月，经省政府批准，肇庆高新技术产业开发区扩园迁址至大旺区，与大旺区、华侨农场合署，实行“一区两园”的发展模式。
2015年4月，国务院批复同意撤销广东省肇庆市下辖的县级市高要市，设立肇庆市高要区，相关的行政区域界线、政府驻地均未做调整 。
到2015年4月为止，肇庆实辖端州、鼎湖、高要3个市辖区，广宁、德庆、封开、怀集4个县及肇庆国家高新技术产业开发区（含大旺区），代管四会市。
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