明朝（1368-）在管理西藏方面基本沿用元朝的旧制。明朝洪武皇帝在今克什米尔东北和藏西设置俄力思军民元帅府。明代称“俄里思”，到了清代方称“阿里”。
清朝属国和硕特汗国时期由汗庭任命管理（甘丹颇章政府是其中的下级政府，而且只有部分管理权），后期是拉藏汗任命女婿康济鼐管理阿里区域，后来，在清中央政府的扶持下，阿里地区逐步归入西藏噶厦地方政府，后又设立宗（相当于县）和管理阿里地区的总管——“阿里基巧”。
1951年西藏和平解放后，堆里嘎本驻噶大克（即噶尔雅沙）。辖布达巴、日土、噶大克。
1954年设阿里总管，管辖仲巴洛强、普兰宗、札布让宗、达巴宗、日土宗、噶大克等宗溪。
1960年设阿里专区，专署驻噶尔昆沙。以噶尔宗设噶尔县（驻雅沙）；以日土宗设日土县；以革吉设革吉县（驻那坡）；以改则设改则县（驻隆仁，又称鲁玛仁波）；以仲巴洛强溪设仲巴县（驻札东）；以普兰宗设普兰县；以札布让与达巴2宗合并设札达县（驻托林）。辖7县。
1962年将仲巴县划归日喀则专区。辖6县。
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