清朝时期
清康熙三十七年（1698年），清廷派员到哈密按蒙古王公例编制旗队，划为蒙古镶红回旗，委任官佐。
清康熙五十六年（1717年），修哈密回城，号镇远城。雍正五年（1727年）修哈密汉城（今老城）。雍正七年（1729年）至九年（1731年），修巴尔库尔汉城。乾隆三十七年（1772年），修巴尔库尔满城，号会宁城。同治八年（1869年），修哈密新城。
清雍正九年（1731年），清廷移安西州同知驻巴尔库尔，自此该地始有行政机关。安西同知隶属甘肃布政使。乾隆二十四年（1759年），建哈密厅，设理事通判，管理回王辖属以外民事，亦隶属甘肃。次年，在哈密设办事大臣，巴尔库尔设领队大臣。
清乾隆三十八年（1773年），设镇西府，又设巴尔库尔道，府下辖宜禾、奇台两县，府治在宜禾。镇西府亦隶属甘肃省。乾隆四十一年（1776年）巴尔库尔道移驻迪化，改称镇迪道。咸丰五年（1885年），镇西府改镇西直隶厅。宜禾县入厅治，奇台县划归迪化。光绪七年（1881年）八月十六日，哈密厅由安西道划归镇迪道。光绪十年（1884）11月17日，新疆设立行省，下分四道，镇迪道改由新疆省隶属。次年，哈密厅升格为哈密直隶厅。哈密直隶厅包括今哈密、伊吾两地。
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